У вас в файле верхний слой прорисован полигонами и включена заливка. Надо или убрать все полигоны на верхней стороне платы и оставить автомаску (заливку), или отключить автомаску (заливку). Но в любом случае надо избегать участков не подключенной меди на плате и навести красоту, чтоб было все красиво и ровно.
Например: