А я согласен с @Alex91, схема - с извращением. Ну, что мешает объединить минусы обоих источников питания и перенести мотор в плюсовую цепь в сток транзистора? Ничего не мешает.
Оно, конечно, хорошо, когда независимые источники питания. Но в данном случае для мотора пользуется блок питания от ноутбука, а это совсем не независимый источник. Вот и приходится мосфету гонять этот блок питания целиком вверх-вниз по напряжению относительно своей земли с частотой ШИМа. Выход этого ноутбучного источника связан емкостями с сетью, вот и приходится перезаряжать эти ёмкости и иметь непонятные импульсы на стоке.
Нахрен это нужно? Перекинуть пару проводов и сделать по-нормальному, всего делов-то.