Господа, при всем уважении, на дворе 2018 год, какие атмеги ? Поставьте бы STM32 скажем серии f1 или f2. И скорость выше в разы (раз уж идет гонка за производительность), и прерываний внешних хоть на все GPIO вешайте (почти на все).
И использование внешних прерываний для кнопок не особо и плохая идея, если к примеру таймеров не много и все они заняты. Не в майне же их опрашивать