Вон откуда ветер дует, т.е. файлик не перезаписывает значения, а целиком заменяет собой системный? Так бы сразу и сказали.
В статьях как правило приводится участок кода, где кое-как запускают HSE, и всё обрывается циклом-заглушкой, в который скатывается МК, когда этот самый HSE не работает, а всё что я мог - это переделывать инструкции для HSI.
Вообще всякие ардуиноподобные среды сильно расслабляют, когда периферию запускать не надо - всё само, а ты только пины задаёшь, непривычно говорить чайнику как надо кипятить воду, обычно говоришь кипятить, и он не спрашивает как пользоваться спиралью.