А есть внятное описание этого M18? По моему он не очень "интегирируется" с микроконтроллером, да и нужно ли? По схеме выше - подключить его к U1C, выход U1C кинуть на +С12, U1D вообще выкинуть вместе с D1,D2 и R13.
Самым простым, в Вашем случае, видится поиск в гугле на предмет "stm32 cmake template", далее открыть "шаблонный" проект в CLion и уже с ним разбираться и настраивать под себя.
Это все очень познавательно, но в малинке нет и компаратора! )
ЗЫ: Кроме того входы компаратора МК (из ТЫЦ1) все таки аналоговые, что противоречит Вашему утверждению.
Вполне возможно. В даташите есть такой параметр, как "Input High Volt - 0.9 VPP". Попробуй чуть уменьшить напряжение питания дисплея, возможно станет лучше.