Тоже искал как это сделать, мне хотелось чтобы Makefile собирал прошивку уже с бутлоадером в один hex.
И вот такое решение я нашëл:
srec_cat -Output_Block_Size 16 main.hex -I bootloader/boot.hex -I -o main_b.hex -I
Опцией -Output_Block_Size можно указать максимальное количество байт в строке выходного hex файла.
Утилита srec_cat из пакета SRecord.
SRecord - это набор мощных инструментов для управления файлами загрузки EPROM.
Чтобы скачать сборку для Windows заходим на сайт:
http://srecord.sourceforge.net/
Download -> переходим к абзацу Pre-compiled Windows Executables