Как-то его связать с компьютером всё-таки придётся, есть разные варианты.
Таймер внутри МК, но тактируется отдельно от внутреннего низкочастотного RC генератора (40кГц для STM32). Таймер считает в обратном порядке (до нуля), если он досчитывает до нуля - МК перезагружается. Поэтому в процессе работы самой программы его необходимо периодически "сбрасывать" (записывать в нужный регистр нужные значения), если программа подвиснет и не сможет этого сделать, таймер досчитывает до 0 и МК перезагружается. Но внутренний сторожевой таймер это не панацея, которая даст 100% гарантию работоспособности МК.