Полагаю, что всё зависит от времязадающих кварцев для генератора и осцилографа. На сколько они врут по сравнению с обещаной частотой, ну и между собой, конечно. Если оба в минус или оба в плюс, то погрешность между заданным на генераторе и считанным осцилографом будет меньше, чем если один будет воать в плюс, а другой в минус.
Если бы работали от одного кварца - вообще было бы без расхождения.
Вот вчера как раз с этим мучился. Расхождение было даже с встроенным в осцилограф генератором 1кГц и синусойдой 1кГц . Взаимное перемещение остановилось у меня при 0.99998..1,00002кГц на генераторе синуса.
Пробовал установить синус 13.1000кГц. DSO5102P показывает попеременно 12.50кГц или 14.28кГц. Какая уж тут точность?