Примеры проектов есть, предложите, попробуем собрать

Подключил к 9му выходу через сопрот 15ком Замерил напряжение на входах и выходах микросхемы: Вход = 0,1В Выход = 5,5В Как только включил, напряжение на выходе было 29В и микросхема холодная, и спустя некоторое время начала слегка нагреваться и напряжение изменилось на 5,5В Может быть она в защите была? И еще вопрос есть - для чего предназначен этот узел на схеме (примерно хотя бы)    

Вот здесь посмотри, не твоя схема? Если вместо переменников поставить постоянные резисторы и на выходе пару мосфетов убрать. Первая схема: Усилитель мощности 125 ватт 

Ага, 4 фотографии, и все перепутаны. И на вопросы ноль внимания.  Особенно умиляет "Фото в личку". Походу, и прибора то вообще нету.

По питанию на PIC12 похож. @Arhara , если это действительно МК и он сгорел, то не мучайте себя, собирайте схему, что @Dr. West порекомендовал.

Где минус 60? Вот такой:  

Да. Файл с расширением RBF (Raw Binary File).   Если лень искать на сайте производителя нужный раздел, то достаточно набрать в поисковике интересующую вас "cyclone iv passive serial configuration", чтобы в первой же ссылке получить нужный вам документ.   Ну, во-первых, прошивка не хранится в ПЛИС при любой схеме конфигурирования. А если речь о загрузке из конфигурационного ПЗУ, то можно организовать и такой изврат. Для этого можно контроллером дёргать кроме ножек, используемых для конфигурирования, ещё и ножки MSEL.