Первое, что стОит сделать - надо обслужить стеклоподъемники. Возможно понадобится заменить моторчики. Пыль, сработавшиеся щетки, застывшая старая смазка - это все, что откладывает отпечаток на работу механизма и если есть разница работы механизма в сухую и влажную погоду, то это все факторы, которые надо устранить физически, а не электронно. Второе, о чем нужно помнить - эти моторчики довольно прожорливы по току, поэтому проводку к ним по-хорошему бы тоже надо проверить. Но не банальным прозваниванием, а именно на способность проводить хороший надежный ток до 10А. Это же относится и к разъему в стойке двери - они вполне от времени могут подгнить.
Думаю если подготовить эту всю систему, то дальше и электроника начнет справляться.
А вообще закрывать одновременно все 4 окна - это моветон ;) Обычно блок-комфорты закрывают последовательно сперва 2 окна, затем другие 2 окна. И сигналом к прекращению работы моторчика служит не таймер, а уровень потребления тока, т.е. когда моторчик работает он потребляет плюс/минус столько-то, а когда останавливается (типа стекло закрыто) то ток увеличивается и блок отключает моторчик. ... Ну и плюс таймер, но исключительно как дублирующий "отключатель", чтоб не спалить моторчик, но точно не как основной.