В "Proteus" есть пример моргалки "Blinking LED for Arduino Uno" и светодиод там прекрасно моргает.
Файл проекта Blink.pdsprj (30,3 КБ) OlegAksenko, а Вы не могли бы выложить файл проекта?
Blink.pdsprj
На схеме не видна полярность подключения светодиода ... .