R1 и R2-R13 это делитель напряжения, поставишь диод будут другие значения, если нужен для индикации работы схемы, то лучше поставить после выключателя SA3 паралельно всей схеме
Там где три вывода я подозреваю со средней точкой это вход. Должно быть на двух плечах одинаковое сопротивление. Где два это выход должен быть целый(прозваниваться). Как то так
Если имеете ввиду про кнопки, то да. Если подтягивать к минусу, то на входе при нажатии кнопки будет логическая 1. А если к плюсу(поменять местами резистор с кнопкой) то логический 0. Как то так, если я правильно объяснил