Наверное, уже не актуально вопрошающему, но другим будет полезно - Atmega64A умеет работать в режиме совместимости с Atmega103. За это отвечает фьюз M103C. Если он = 1, то все таймеры, кроме TC1 не функционируют на аппаратном уровне (симулятор или протеус при этом покажут нормальную работу)