Что бы светодиод мигал на частоте 500kHz, нужно частоту 90 000 000 / 20 = 4 500 000 / 18 = 250 000 Hz(250kHz)
Так как период мигания требует два прерывания то вызов прерывания на частоте 250kHz даст Вам частоту 500 kHz.
Получается нужно так настроить.