У меня на одной из плат было так, в исходном файле все площадки одинаковые:
А если сделать гербер и импортировать его, то одна площадка становится не такая:
Тоже не зависит от версии, несколько разных перепробовал.
Но, тем не менее, сами герберы нормальные, плата пришла без ошибки, гербер-вьюеры показывали, что все в порядке:
С чем это связано - хз.