Не совсем. В контроллере могут быть несколько типов энергонезависимой памяти. ПЗУ (Flash), в котором хранится прошивка, и EEPROM, в котором хранят то, что возникает в процессе работы устройства - логи, настройки и т.п.
Но EEPROM может быть в виде внешней микросхемы. Flash, кстати, в некоторых случаях тоже.